Патријарх се писменим путем обратио цару Леополду за помоћ. Писмо је написано лепим стилом и у њему патријарх моли за помоћ и унапред се захваљује. Најинтересантнија реченица по мени у овом писму је ''Да вам се данас нисмо јавили, не бисте били криви''. Из те реченице се види дипломатска способност српског патријарха.
Исаија је после хапшења био спроведен за Беч. Одатле је послао молбу руским царевима по старцу Аверкију да ови интервенишу за њега код аустријског двора. Исаија је пуштен из заточеништва после две године. Касније се вратио у Русију, тамо поново дао изјаву о насилном унијаћењу Срба у Аустрији, али је био врло хладно примљен уз једну врло скромну милостињу. Касније је оданде на један загонетан начин нестао.
У међувремену аустријске снаге су напредовале на балканском бојишту. Конамдант аустријских снага, генерал Пиколомини кога је за командира именовао макграф Баденски, је од српског становништва дочекан као ослободилац. Срби су у великом броју почели да приступају аустријској војсци.
У одредима генерала Пиколоминија, када је овај пошао из Ниша према Лесковцу и даље према Приштини, међу 3 700 војника било је доста српских добровољаца.
Баденски је, полазећи за Видин, наредио Пиколоминију, да поврати српски народ који се разбежао са огњишта, да утврди заузете градове и области и да се у ту сврху послужи хришћанским устаницима, са којима је требало поступати лепо, да би се придобили за цара. Пиколоминија је са великом војском код Приштине задржао Махмуд-паша, али уз српску помоћ Пиколомини је заузео Приштину. Он је некако сазнао за једно народно веровање, да ће га од Турака ослободити некакав кнез, на чијим ће камилама дојахати животиње из далеких крајева. Зато је пред Приштином на камиле заплењене од Турака ставио мајмуне и друге животиње и тако ушао у град. Народ га је дочекао тријумфално. Пиколомини је наставио пут према Скопљу 28. октобра 1689., које је бранио Махмуд-бег са 8 000 људи. Због куге која је захватила цео град Махмуд-бег се морао повући. Пиколомини је из града извукао ратни плен и касније запалио читав град да би народ заплашио и уверио у моћ аустријског оружја. На троструки знак пуцњем Скопље је било плануло са свих страна и за трен ока постало згариште. Касније се Пиколомини повукао преко Качаника у Липљан, где су многи угледни људи положили заклетву цару. Херцог Холштајн је послат да утврди посаде у Приштини, а пуковник Штрасер је добио задатак да истера Турке из Звечана и Бањске. Пиколомини је затим отишао у Приштину, а 3. новембра 1689. у Призрен. Из Призрена је нардео калуђерима у Пећи да одмах позову патријарха Арсенија са Цетиња, где је овај био на путу за приморске крајеве, да се постави на чело свога народа. У супротном ће бити постављен други патријарх. У међувремену је макграф Баденски са својим трупама, идући од Ниша, стигао у Видин. Одатле је наставио за Кладово, које је затекао испражњено од турске посаде. Тако је цела Тимочка долина очишћена од Турака и успостављена је веза између две царске војске. Баденски је сада требао да изврши још два задатка: да привуче Влахе и њиховог војводу Бранкована на аустријску страну, јер су ови стално пактирали са Турцима и да онемогући даљи рад грофу Ђорђу Бранковићу и осујети његове планове. Генерал Хајзлер се спустио на Дунав, заузео Оршаву и целу околину. Бранковић сада није више могао развијати започету делатност у Ердељу ни на терену који је заузео Баденски. Генералу Хајзлеру, Баденски је наредио да позове Бранковића у Кладово, а грофа Шлика је послао Бранковану у Букурешт. Чим је Бранковић стигао у Кладово, био је ухапшен.
Пре него што је дошао на разговоре са Пиколоминијем, патријарх је упутио преко свог повереника духовника Василија, посланицу црногорским племенима. У њој апелује на племена и Брђане да се измире и да живе у слози у борби против општег непријатеља. Са патријархом Арсенијем је требао да дође у Пећ, а одатле да крену заједно у Призрен на састанак са Пиколоминијем, и цетињски митрополит Висарион. Али Висарион није дошао јер се као и патријарх Арсеније и читав српски народ налазио између две ватре. Владика Висарион се био одлучио да се придружи Млецима.
Пиколомини је такође желео да се састане и са вођом католичких Арбанаса, скопским надбискупом Петром Богдани.
На путу од Ниша до Скопља Пиколомини је сазнао да се патријарх Арсеније III почетком октобра уклонио испред Махмуд-беговића из Пећи у Никшић. Да би патријарха Арсенија привукао на своју страну, а одвојио од утицаја Млечана, јер сада су се сукобљавали Млетачки и Аустријски интереси, Пиколомини је упутио два писма преко капетана српске милиције Петра Соколовића патријарху Арсенију. У њима је позивао патријарха да дигне народ на устанак, а Србе да се придруже царској војсци и ступе под заштиту цара Леополда И. Соколовић није нашао патријарха у Никшићу, јер је овај већ био отишао са јеромонахом хаџи-Василијем а архиђаконима Данилом, Викентијем, и Атанасијем Даскалом на Цетиње код црногорског митрополита Висариона. Соколовић је преко других људи доставио ова два писма Арсенију, јављајући му да долази 4 000 аустријских коњаника у помоћ Црногорцима и да се одмах врати у Пећ. Арсеније је међутим та писма доставио млетачком Провидуру у Котор, тражећи да овај одмах пошаље своју војску у помоћ. Међутим, аустријска војска је заузела Пећ и Пиколомини је наредио калуђерима у патријаршији да одмах позову патријарха да се врати. У супротном ће цар именовати другог патријарха. Арсеније се вратио у Пећ, а затим наставио за Призрен, где је стигао 6. новембра и поздравио добродошлицом Пиколоминија. Дочек Пиколоминија у Призрену је био свечан. Велики број људи (5-6 000) предвођених од стране патријарха, који је држао један барјак са сликом Исуса на крсту, дочекао је са клицањем и троструким пуцњем из пушака Пиколоминија. Пиколомини се у Призрену разболео од куге и ту је са самртне постеље водио разговоре са патријархом Арсенијем и фрањевцем Томом Распасаријем, да Срби и Арбанаси из околине Призрена дођу под заштиту цара. Народ је са патријархом Арсенијем положио заклетву верности. Пиколомини је сада имао под собом преко 20 000 наоружаних Срба, па не знајући да ли сме веровати овим ратоборним људима, који су бројно три пута јачи од његове војске, саветаовао се о томе са својим официрима и са патријархом Арсенијем. Они су га уверили у верност ових људи. Следећег дана, 9. октобра Пиколомини је умро у Призрену, примивши пред смрт свето причешће из руку патријарха Арсенија. За Пиколоминија се зна да је сахрањен у Призрену у најстаријој и најугледнијој цркви. Најстарија црква у Призрену је богородица Љевишка, а и највише поштована, па је Пиколомини највероватније сахрањен у њој. Његово гробно место међутим није означено. Зна се само да су Немци током ИИ светског рата откопали нешто у цркви и да су однели једну камену плочу. Претпоставља се да је у питању надгробна плоча са Пиколоминијевог гроба. Преговори са Пиколоминијем су се највероватније завршили усменим договором, јер није сачуван ниједан писани документ са преговора, што ипак не мора бити стопроцентно тачно. Аустријанци су знали да сакривају документа и уговоре из својих архива, и то оне који њима нису ишли у прилог, тако да није немогуће да је и овај уговор намерно ''нестао'' из архива.
Генерал Пиколомини није имао достојног наследника на свом положају. Све је преко ноћи пошло наопако. Осорно, грубо, нетактично и омаловажавајуће понашање његових наследника, херцога Георгија Христијана Холштајна, пуковника Штрасера, а делимично и генерала Ветеранија према Србима и Арбанасима који су ступили у аустријске редове, изазивало је оправдан револт, разочарење и огорчење добровољаца. Многи су почели да напуштају аустријску војску, па чак и да ступају у турске одреде. Турци су почели да се рерганизују и јачају под командом везира Мустафе Кеприлија (Мустафa Кoпрuлu), који је био Турчин који је у нашем народном епосу запамћен као Мустафа Ћуприлчић. Турци су почели да се концентришу пред крај 1689. године и спремају за офанзиву. Победили су у бици код Качаника и почели да гоне Аустријанце према северу, враћајући један по један изгубљени град, иако им је генерал Ветерани, Пиколоминијев наследник, пружао снажан отпор. Ветерани је са лепим понашањем према српским устаницима поново почео да изазива њихово одушевљење за борбу против Турака. И сам се био до те мере одушевио, да је прекинувши повлачење и осигуравши привремено Ниш, Пирот, Лесковац, Прокупље и Јагодину, јављао у Беч, да би са 12 000 војника и са побуњеним хришћанима лако могао доспети до Цариграда. Међутим, ово су биле само његове илузије. Потучени Махумд-паша, код Призрена, брзо се прибрао, скупио своје разбежале одреде и уз помоћ великог везира Кеприлија, пошао да поврати Призрен. Ипак у Штипу га је поразио Холштајн, чија је војска запалила Штип и извршила невиђену пљачку, уз грубо понашање не само према Турцима, већ и према хришћанским устаницима. То је изазвало огорчење устаника који су у масама почели да иступају из Холштајнових одреда и да се повлаче у неприступачна брда. Због тога су Аустријанци попалили њихова села, а оне које су ухватили разораужавали су. Турци су ово искористили и навалили са свих страна. Заузели су Скопље, Велес, Тетово, Куманово, где су ухватили одметника Карпоша-харамбашу и набили га на колац на вардарском мосту у Скопљу. Затим су кренули ка Приштини.
По наређењу Холштајна, пуковник Штрасер је дојурио из Ниша, супротставио се турском надирању, али је савладан са својих 1 800 војника код Качаничке клисуре, где је и сам погинуо, напуштен од готово свих хришћанских устаника, према којима се грубо понашао. Турци су заузели Приштину и наставили своје надирање према Нишу. Махмуд-паша је после заузећа Призрена дојурио у Пећ, да би тамо ухватио патријарха Арсенија који му је раније избегао из руку. Успут су његови одреди вршили масовни покољ над српским живљем. Али патријарх Арсеније се на време, вероватно много раније, можда одмах после Пиколоминијеве смрти, склонио из Пећи и побегао са Аустријанцима за које се определио, не схватајући још њихову послост и превртљивост. Црна судба је чекала краљевску задужбину Дечане, на коју су Арнабаси навалили као скаквци. Манастире су опљачкали а калуђере већином побили. Такве судбине су били и многи други манастири и калуђери. Док је патријарх Арсеније, поневши са собом драгоцености Пећке патријаршије, са једним делом калуђера бежао преко Новог Пазара и Студенице у правцу Београда, дотле су Турци, на челу са Махмуд-пашом, направили читаву пустош у патријаршији. Народ из околине је побегао у неприступачна брда и планине или у Црну Гору, а неки калуђери су остали у Патријаршији и ту били побијени или одведени у ропство, а Патријаршију су Турци спалили.
Сви угледни људи, као владике и свештеници и многи који су остали у свом завичају били су принуђени да промене веру и да се потурче. Многи манастири и цркве су били разорени. Осим тога, цариградски патријарх је чинио притисак код султана да Пећку патријаршију споји са Цариградском. А да су Грци у то време смерали да пирисвоје Пећку патријаршију, доказује и то што одмах по одласку Арсенија III, на столицу Пећке патријаршије долази Калиник, родом Грк, кога није изабрало свештенство. Он је бератом царским из 1696. године дошао у Пећ и сео на патријаршијски престо. С њим су дошла још два грчка епископа који су му по налогу цариградског патријарха и султана предали управу над Пећком патријаршијом.
У том периоду, периоду сеобе Срба, у питоме ђаковичке, приштинске и призренске земље, почели су да се насељавају Албанци. Пре тога нико није чуо албански језик уз Реку, у Метохији, У Пећи, у Подгору, у Лиму, у Дреници и по Косову!!!
Истовремено се појавила и куга на Косову, у Бјелом Пољу и другим местима. Опасна зараза је покосила толико света да живи нису могли стићи да сахране мртве. Пећ је била претворена у пепео, како је Ветерани јавио у једном свом извештају из Ниша у Беч. Турци су заузели Приштину и све одрасле људе поубијали, а младиће одвели у ропство. Спаљени су били манастири Пећке патријаршије, Милешева, Ђурђеви Ступови, Сопоћани, Студеница, Љубостиње, Раваница, Манасија, и многи други велелпни манастири. Један стари запис говори да је у манастиру светог Петра Коришког код Призрена, остао био у животу само један стари калуђер, који би се с времена на време пео на врх Петрове Горе, подизао руке ка небу и овако се молио: ''Боже, нека је крштено све што се родило, нека је венчано све што се узело и нека је опојано све што је умрло, Амин.
Око године Сеобе и броја персељених људи, домаћи и страни историчари су водили доста полемика и расправа. Велики број њих узима за годину Сеобе 1690., а број пресељених породица између 36 000 и 40 000. Из претходног дела текста смо видели да је Велика Сеоба Срба почела и пре 1690. године. Са пресељењима се почело још 1688. године и раније, а наставило се и после 1690. године. Такође се може закључити да је главнина Срба почела са пресељавањем још у позну јесен 1689. године, а пресељавање није престало ни 1694. године.
Питање броја пресељених људи је тешко решити јер се није пресељавало у једном налету, већ сукцесивно и временски доста развучено. У то време није било стручних статистичара који би могли да утврде прецизан број пресељених људи. Проблем представља и то, што се у свим изворима наводи број пресељених породица, а не и број укупно пресељених људи. Ако желимо да одредимо број пресељених људи тешко је одлучити се око броја чланова једне породице. Са сигурношћу се зна да су у оно време српске породице имале много чланова, јер су Срби живели у породичним задругама (заједно је живело неколико генерација људи). Поред тога, Турци су у својој крвавој освети убили и до три четвртине од укупног становништва предела које су насељавали Срби. У тим тренутцима појављују се и заразне болести, које настављају тамо где су Турци стали. Због свега наведеног се не може поуздано утврдити укупан број пресељених људи. Испражњена насеља Срба Турци су населили Арнаутима.
Из записа јеромонаха Стефана Рачанина се види да су Срби четрдесет дана ишли пешке до Будима, а на њиховом челу је стајао патријарх Арсеније лично. Калуђер Даскал Атанасије је 1690. доспео до Коморана, одкале је поднео извештај сестри руског цара Петра Великог, књегињи Софији Алексијевној. У њему говори о пустошењу земље и о бекству Срба преко Београда до Будима. Запис од 31. маја 1696. Стефана Раваничанина у манастиру Ораховица, једног од учесника Сеобе, говори о подлости и лукавости Аустријанаца и Мађара у време Велике Сеобе. Из записа се види да су са патријархом Арсенијем ишли и епископ београдски и сремски Петроније Љубибратић, калуђери из напуштених манастира и кнез Рашковић. Са собом су понели свете мошти српских владара и српских великомученика.
Српским избеглицама је било забрањено настањивање по градовима и мешање са староседеоцима, па макар ти староседеоци по градовима били и Срби. Дозвољено им је насељавање по селима и земуницама, које су сами правили на јаловој земљи. Срби су били потпуно изоловани од староседелаца. Највише их је било у Коморану, Сент Андреји и на острву светог Андрије, где су били изоловани у такозваном потесу ''Збег'', на удаљености од петнаест минута од Сентандреје. Они су подизали дрвене црквице у које су сместили мошти светитеља Лазара и деспотске породице Бранковића и друге свете мошти.
У Будиму се населио народ који је представљао елиту. Ту је на првом месту патријарх Арсеније III Чарнојевић, затим калуђери и свештеници и тадашњи први људи у народу по верском угледу, интелектуалним способностима и свом националном раду. Ту су и истакнути трговци, занатлије и богати људи из народа.
На почетку сеобе са патријархом Арсенијем налазила су се у Београду још четири епископа избеглице-епископ руднички Теофан и зворнички Герасим, београдски митрополит Симеон Љубибратић и недавно именовани јенопољски епископ Исаија Ђаковић.
Са патријархом Арсенијем у Угарску је прешао и велики број световних српских старешина. Међу њима се истичу браћа Рашковић: Јован, Мојсеј, Илија и Михајло, синови хаџи Арсенија Рашковића. По фамилијарној традицији они су имали своје велике баштине у Старом Влаху, који је обухватао Моравички и један део Златиборског среза и цели Сенички округ. Турци су Рашковиће признали за кнежеве тог краја и тако их учинили посредницима између себе и раје. Рашковићи су прикупљали харач од раје у име Турака и предавали га на договореном месту. За време Леополдовог рата са Турцима, Рашковићи су се придружили Аустрији. Због својих подвига у борбама, Леополд их је 1691. и 1692. године узео у заштиту од војних локалних власти. Ослободио их је давања десетка и свих других дажбина. Овај огранак породице Рашковића је по преласку у Угарску стекао добра и имања које је Леополд узео под своју заштиту. Мојсеј хаџи Рашковић је по преласку у Угарску постао обракапетан у Славонији. 8. јула 1708. године именован је за пуковника од стране цара Јосифа И.
6. априла цар Леополд И је издао Манифест под називом Литтерае инвитаториае. Он је основ на коме су се темељиле све касније царске Привилегије, које су издаване пресељеном српском народу у Угарској. Овај апел цара Леопаолда се назива још и Заштитним писмом, јер се у њему свим хришћанским народима обећавају помоћ, заштита и разне привилегије, ако устану на Турке. Ово није први пут да се аустријски цар обраћа за помоћ Србима у борби против Турака. Поједини хришћански народи, још пре овог царског апела, обраћали су се цару Леополду И и тражили његову заштиту. Он је у сврху придобијања нашег народа за борбу против Турака, у склопу аустријских формација издао у децембру 1688. године Србима у Босни и Херцеговини позив и дао заштитно писмо. У њему је обећао слободу вероисповести и поштовање привилегија које је имао у османлијској Турској. Требиње, 1. јул 1688.: игумани и калуђери требињског манастира пишу Леополду И да су спремни да признају његову заштиту, уз слободно исповедање вере. Жабље, 1. август 1688: сердар Томић и Милинко буљукбаша Кнежевић, предају се у заштиту цару Леополду И и признају га за свога господара. Драгачево и Попово, 6. септембар 1688.: Становници Драгачева, Попова, Мркоњића и други признају цара Леополда И за свог заштитника. Дубровник 26. октобра 1688.: царски резидент у Дубровнику, Доминико Корадини, пише принцу Лудвигу Баденском о спремности хришћана и неких Турака из Херцеговине, да се ставе под заштиту цара Леополда И. 11, децембар 1688.: Никола Матијашев из Орахова, Марко Милошев из Чешљара и други признају се поданицима цара Леополда И и моле га да нареди својим генералима да их не пљачкају, када буду дошли са војском у те крајеве. 13.октобра 1689.: кнежеви Војин, Мирослав, Михајло, Бошко и Грујица моле цара Леополда И да пошаље војску у њихове крајеве, па ће се и они дићи на Турке. Цетиње, 10. септембар 1687.: цетињски владика јавља генералном провидуру Џиралому Корнаро да су Кучи и Брђани, крваво потукли пашу Арбаније. Моли га да пошаље војску у Арбанију па ће тој његовој војсци доћи у помоћ 2 000 Црногораца.
Јосиф Фидлер, на основу оригиналног документа из Венецијанског архива, наводи, да је још 1594. године народ Херцеговине, преко фра Домкиника Андријашевића, послатог од Бискупа Висариона и кнезова, молио цара за заштиту. Затим се 1606. калуђер Дамиан у име пећког патријарха Јована обраћао цару за заштиту и добија је од херцога Фердинанда фон Штајермарка. Такође су се цару Рудолфу обраћали Никола Драшковић и Петар Бранковић за помоћ у борби против Туарка. Треба рећи да ове молбе нису биле молбе за уједињење са Аустријом, ваћ за заштиту и помоћ, против Турског ропства и насиља.
Лепополдов манифест од 6. априла 1690. године уз превод Ј. Ђорђевића гласи:
''Ми Леополди итд.
Свима народима и земљама које од наше наследне Краљевине Угарске зависе, и свима другима, који ово читали или слушали буду, а поглавито народу Албанском Нашу царску и краљевску милост и свако добро.
Нека вам буде знано, да турски рат, на који смо нарушењем уговора и неправедно изазвати, по Нашем царском и краљевском званију, уздајући се у божју заштиту и праведност Наше ствари, само на ту цел водимо, да народе, који су нам правно потчињени, и који правно зависе од Наше споменуте краљевине Угарске, и све друге хришћане, из грозног турског робства отмемо, и пређашњој слободи, пређашњим повластицама и пређашњем савезу са телом, од којег зависе, повратимо, укинувши свако злоупотребљавање, и поправивши штету турским тиранством нанету, и повративши свакоме своје право. – Због тога све народе, који по свој Албанији, Србији, Мизији, Бугарској, Силистрији, Илирији, Мацедонији, Расији станују, и друге земље, које од предречене Наше краљевине Угарске зависе, и све друге народе, који под јармом турским стењу, благо опомињемо, да побожно и отачаској Нашој жељи одговарајући, у овој тако повољној прилици, када су турске снаге у толиким погибијама победним Нашим оружјем сатрвене, за своје спасеније и ослобођење и закон хришћански, сви на нашу страну пређу, против Турака на оружје устану, Нашој војсци по угодности и нужди, на заповест Наших војвода и генерала, који ће се наскоро са довољном и многобројном војском на бојишту појавити, придруже се, и њој по могућству рану и што јој друго за издржавање устреба, дају, и у свакој прилици притив обштег непријатеља на помоћ готови буду, (а речене Наше војводе даће им против нападаја од Турака сваку заштиту, и држаће свагде, као што смо озбиљно заповедили, точни војнички запт), - и да се Нашем законом господству својевољно поврате, ако оће да искусе Нашу милост и благонаклоност. – Обећавамо Вама свима предреченим народима и земљама, које су Нама као краљу Угарске правно подчињене и које ће се законито подчинити, задржавши поглавито слободу, повластице и права своје вероисповести и избора војводе, да ћете изузети бити испод сваког јавног терета и данка, али изузевши стара и обична пре сваког упадаја турског постојаштва права краљева и господе, и укинувши у овима свако злоупотребљење, турским господством уведено, осим у случају ратне нужде, где ћете за ваше собствено спасеније и одбрану, на начин добровољног данка, по могућтву давати нужне прилоге, да се војске Наше одржати, земља бранити, и ратни терет сносити могу. А кад се Турски јарам збаци, све ћемо у сталну форму и надлежни ред за будуће по жељи и на задовољство ваше довести, и повратити свакоме своје право и слободу вероисповести, повластица и слободе од терета, свима и свакоме поједино даћемо правицу, и свима ћемо дати најобилнија сведочанства милости, благонаклоности, благости, и отачаске Наше заштите. Осим тога обећавамо, поклањамо и уступамо, свима и појединим слободно притежавање добара, или покретни или непокретни, која год од Турака на својим границама одузели буду.
Радите дакле Бога ради, да повратите вероисповедање, спасеније, слободу, безбедност вашу, без страха пређите на Нашу страну, куће ваше и пољску радњу не остављајте, ваше другове позовите да вашим стопама следују, и прилику ову од Бога и од Нас вама дану, која се више никада повратити неће, употребите, ако ћете за себе, ако за синове ваше, ако најпосле за мило отачаство и спасеније да се састарате, у осталом вама свима и појединце јасно нудећи Нашу царску и краљевску милост.
Дано у Нашем граду Бечу, 6 дана месеца априла, године 1690, Нашега краљевања, римскога 32. угарскога 35, а чешкога 34. Леополд /М.М/ Т. А. Хенр. гроф Стратман. На сопствену заповест пресвет. Царског и краљевског величанства; Стеф. Андр. пл. Варденбург.''
Читањем манифеста запажа се неколико ствари:
- На више места се подвлачи да се овај позив упућује свим народима који зависе од наследне Угарске круне, а нарочито Албанском народу. Дакле нема самосталне борбе ових народа већ само под окриљем аустријске војске и цара. Зато не чуди, што је деспот Ђорђе Бранковић, био ухапшен и затворен, без обзира што је био спреман да сакупи велику војску од српских бораца и да се бори против Турака. Та његова понуда је била одбијена јер је он истицао да је деспот целог Илирика, Србије, Мизије итд., а то није одговарало Аустрији.
- Кад рат против Турака буде готов особођена територија ће ући у састав аустријског царства и над народима са тих терирорија ће се примењивати царски закони. Дакле ништа неће бити од државне самосталности народа који се боре.
- Обећање о појави велике аустријске војске је чиста обмана јер ни тада а ни касније није било могућности за долазак велике аустријске војске због њених обавеза на другим фронтовима, највише у рату са Француском.
- Поред свега цар позива ове народе да не напуштају своје куће и пољске радове и све које знају позову да иду за њиховим стопама, а за све ово добиће његову ''царску и краљевску милост''.
Истог дана када је издао проглас, цар Леополд је упутио и писмо српском патријарху Арсенију III. Ово писмо у преводу Ј. Ђорђевића гласи:
''Леополд итд. итд. Частни, Одани, Љубазни! Више пута нам је достављено, колико вам на срцу лежи безбедност и напредак ствари хришћанске; са задовољством смо разумели, да сте о овоме изврсне доказе дали, идући на руку верноме покојном генералу Пиколоминију, док се тамо бавио. То исто себи и у напредак од особне вредности а особито од богопоштовања вашег обричемо, не сумњајући се, да ћете ви по оном уважењу, које од таможњег народа а особито код Арвенаса и Србаља имате, прилежно настојавати, да овом тако удесном од Бога даном приликом турски јарам, под којим су досад на плачевни начин стењали, збаце, и придруживши се Нашем оружју сваким начином потпомогну, да се варварско отоманско тиранство понизи и угаси. Учиниће заиста дело и Богу мило, а и Наше царске и краљевске милости достојно, коју милост као што вама благонаклоно нудимо, тако исто нећемо пропустити, даном приликом и живим доказима је посведочити. Дано у нашем граду Бечу, дана 6 месеца априла године 1690. Нашега краљевстовања, римскога 32, угарског 35, чешког 34. Леополд (М.П.) Т. А. Хенр. гроф Стратман. На собствену заповест пресветл. царско-краљевског величанства: Стеф. Андр. пл. Варденбург.''
Из садржаја писма се види да је цар већ до тада имао детаљне извештаје о личности и раду патријарха Арсенија.
Представници српског народа су веровали аустријским обећањима о помоћи, заштити и ослобођењу од турског јарма. Јер Аустријанци су били хришћани као и они. Ипак неки од њих су осетили да пре преласка на угарску територију треба истћи неке захтеве који ће Србима обезбедити основна првава у новој домовини. Ти захтеви су на Сабору у Београду изнесени у писменој форми. Епископ Исаија Ђаковић је био овлашћен да оде у Беч и изнесе захтеве Сабора. О његовој биографији се на жалост веома мало зна. Исаија Ђаковић је родом из Грабовца код Сланкамена, где је био свештеник, остао удов, закалуђерио се у Крушедолу и постао епископ јенопољски. Јенопољска епископија је била у саставу Пећке патријаршије. Патријарх Арсеније III је Исаију хиротонисао за епископа и Исаија је долазио у Пећ на традиционална годишња заседања Архијерејског Сабора. Ту је патријарх Арсеније имао прилике да се добро упозна са њим. На збору су били присутни патријарх, неколико епископа, више игумана и архимандрита, егзарси и ђакони, тисућници, капетани, подкапетани и судије. Збор је у шест тачака изнео своје ставове. Исаијана овлашћења је потписало пет епископа, седам игумана, четрнаест капетана и народних судија. Поред тога Исаија је носио захтеве представника српског народа и писмо упућено цару од стране патријарха. Захтеви Сабора су били следећи:
- да народ има слободу веросиповести по закону источно-православне цркве.
- да има слободу бирања народног архиепископа, кога ће бирати црквено-народни Сабор. Да он има неограничено право да подиже и освећује нове цркве, и посвећује и поставља свештенике по градовима и селима и игумане по манастирима, као што је то био раније обичај и право у свим земљама и пределима где су живели и живе Срби, како они раније, тако и ови који ће се сада тамо уселити.
- да архиепископ, епископи, манастири, калуђери и мирски свештеници и остали духовни људи, као и црквене куће и имања, буду ослобођени плаћања десетка.
- да се световне власти (осим цара) не смеју мешати и пресуђивати спорове црквеним људима.
- да нико не може некога затворити, а ако неко учини неки преступ, да му суди архиепископ или епископ преко Црквеног суда.
- да се старе српске краљевске и царске задужбине, које су Турци присвојили, врате под управу српског архиепископа и црквених власти, како оне које су већ од Турака ослобођене, тако и оне које ће аустријска војска ослободити. Да архиепископ и епископи несметано и слободно могу обилазити цркве и манатире и да их у томе световне власти не смеју ометати.
Срби су чекали пуна два месеца на цареве писмене гаранције. Тек кад су их добили у виду Привилегије од 21. августа 1690. године, почели су прелазити Саву и Дунав.
Главни допринос издавању Привилегије од 21. августа 1690. године имао је епископ Исаија Ђаковић. Њега је у Бечу цар за кратко време примио два пута у аудијенцију. Исаија је цару предао писмене захтеве Сабора. Он даје усмено образложење цару. Цар је усвојио сва Исаијина образложења и наредио да се сви његови захтеви испуне и у виду званичног документа, Привилегије објаве народу у властима. Исаија Ђаковић је био добар дипломата, али и Аустрија се у то време налазила у критичном стању. Њена војска се пред Турцима повлачила на свим фронтовима, а Срби су Аустрији требали као добри војници.
Исиаја се нашао у Бечу са ухапшеним грофом Ђорђем Бранковићем, који је по ранијем споразуму са царем, почео радити на подизању устанка. У подношењу захтева цару Исаија је сарађивао са грофом Ђорђем Бранковићем. Срећом, пре него што је цар Леополд И потписао привилегију епископ Исаија је сазано за њену крњу садржину. Стога је он одмах поднео двору латински писану представку, написану уз помоћ грофа Бранковића. У тој предтавци Исаија истиче како је на аудијенцији у име православних на крајњој граници Угарске, Хрватске, читаве Расције и Јенопоља, поднео усмено цару извесне захтеве о слободном исповедању вере. Цар му је каже Исаија, усмено обећао да ће ове захтеве усвојити због досадашњих и будућих услуга које је очекивао од Срба. Пошто се епископ Исаија држао веома енергично бечки кругови су морали да попустите. Текст спремљене Привилегије проширен је реченицом, којом се власт српског народа проширује и на православне у Угарској и Хрватској. Оно место, наиме, где се каже да се повластице дају Србима где се год убудуће налазили, изостављена је и замењена речима: да Привилегије и повластице важе дотле, доклегод Срби сви скупа и појединачно, буду били верни цару. Текст привилегије од 21. августа 1690. године у преводу Ј. Ђорђевића гласи:
''Ми Леополд итд. итд.
Частноме, оданоме, Нама љубазноме Арсенију Чарнојевићу, Србаља источне цркве грчког обреда ахриепископу, епископима, и свима другима, црквеним и мирским сталежима, подкапетанима, најпосле целом обштинству истога грчког обреда и народа србскога, по Грчкој, Бугарској, Расији, Херцеговини, Далмацији, Подгорју, Јенопољу и осталим сајуженим местима и свима другима који ово буду читали, видили или слушали буду, Нашу царску и краљевску милост и свако добро.
Не само из понизног писма, које нам у име вас свију подносе посланик Нама епископ јенопољски, Исаија Ђаковић, него још јасније из усменог његовог представљања најмилостивије примисмо вашу понизну захвалност, што смо из чељусти варварскога турскога тиранства отели и пређашњој слободи вратили, као и вечито обавезност, којом исповедате, да сте Нам ви и ваши потомци због толико учињеног добра обавезни, истина по дужности вашој, али на наше утолико веће задовољство, што признавши наше право, и себе и крило милости и благонаклоности Наше, као вашег господара и законога краља одавајући, с похвалном духа крепошћу изјављујете, да вам од сад под сенком Наше заштите ваља живети и мрети. Сматрајући не толико ово ваше Нама одвећ мило сведочанство и изјаву, примамо благонаклоно вас и све скупа и појединце у Нашу царску и краљевску заштиту, колико да се тим изредна ова намера у вашим духовима утврди, и синовима непрестано улива, и у свима случајевима стварним доказима све већма и већма ускрепи. Отачаски вас дакле позивамо, да против најжешћег душмана хришћанског имена и вашег гонитеља, под Нашом заштитом и под управом Наши војвода у оружје устанете, да одбијете неправде, невоље и беде, које су вам до сад најнеправедније и нејнемилостивије наношене бивале. А да би и ви узајамно благост и спас Наше владе и господарства већ на самом прагу осетили, ваше молбе с прирођеном нам благошћу одобравајући, милостиво смо закључили: Да по обичају Србаља источне цркве грчкога обреда и по пропису старога календара слободно опстојати можете, и да вам као до сада, тако и у напредак никоји црквени или мирски сталежи никакве досаде чинити не могу; и нека вам слободно буде, између себе, собственом влашћу из српског народа и језика постављати себи архиепископа, кога ће црквени и мирски сталеж између себе бирати. И овај архиепископ нека има слободну власт располагати са свима источним црквама грчког обреда, епископе посвећивати, свештенике по манастирима разређивати, где буде нужно цркве собственом влашћу зидати, по варошима и селима српске свештенике намештати: једном речи као и до сада, да буде поглавар над црквама грчког обреда и над обштинством исте вероисповести, и да има власт њима располагати, собственом влашћу црквеном, по повластицама, које вам дадоше пријемници Наши, некадашњи блажене памети краљеви Угарске, по свој Грчкој, Расији, Бугарској, Далмацији, Босни, Јенопољу и Херцеговини, као и Угарској и Хрватској где их фактично има, и уколико и докле Нама сви скупа и појединце верни и приврежени буду. Даље црквеним сталежима, као архиепископу и епископима, монасима и свакога реда свештеницима грчкога обреда у манастирима и црквама нека остане власт располагати, тако да нико у предреченим манастирима, црквама и резиденцијама вашим никаква насиља чинити не може; него од десетка, данка и квартира да буду ослобођени као и пре, нити да има ико од мирјана, осим Нас, над црквеним сталежим власт, кога затворити или заробити, него да архиепископ може такве од њега зависеће црквене људе, ако шта скриве, по праву црквеном или канонском казнити. Прилажемо даље и потврђујемо, да се грчког обреда цркве, манастири, и што к овима спада, као и добра, што архиепископу и епископима припадају, ма каква она била, као што су од пријемника Наши приложени, притежавати могу; а које је цркве непријатељ хришћанског имена Турчин од вас одузео, и те кад се освоје, заповедићемо, да се у ваше руке предаду. Најпосле кад архиепископ, или епископи ваши, кад нужда захтева, манстире и цркве по варошима или селима обилазе, или парохе и обштину поучавају, нећемо трпити, да им ико било од црвених људи, било од мирјана досаду какву чини.
Ми себи тврдо обећавамо, да ћете ви и ову Нашу најштедрију и најмилостивију концепцију свим трудом и силама заслужити, и вашу верност и приврженост непрестану, неокрњену чувати, и да је никакве буре порушити неће; у осталом вама свима и појединце потврђујемо најмилостивију Нашу царску и краљевску милост. Дано у нашем граду Бечу, дана 21, августа, године 1690., Нашега краљевања, римскога 33, угарског 36, а чешкога 34. Леополд. /М.П./ Т. А. Хенр. гроф. Стратман. На собствену заповест пресв. Царског и краљевског величанства: Андр. пл. Верденбург.''
Овом Привилегојом је извршена унификација Срба у Хабсбуршкој монархији. Патријарху је призната јуриздикција и над оним крајевима Балкана, на које је цар Леополд одувек претендовао. Успостављена је црквено-народна аутономија српског народа који се усељава у Угарску. Овом Привилегијом је у виду једног законско-правног документа, србима који су до тада третирани као обична бесправна раја, призната њихова националност и постојање као једног посебног народа.
Исељени Срби и после добијања Привилегије нису одмах кренули за Угарску. Надали су се да ће се ратна срећа окренути и да ће моћи да се врате кућама. Повлачећи се испред Турака, аустријски команданти, нарочито Ветерани, уверавалки су народ и сеоске кнежеве да се они не повлаче, већ да само заузимају боље стратегијске положаје. То је било трагично и катастрофално за народ, а циљ је био да Срби и даље бране истакнуте положаје према Лесковцу, Прокупљу и Пироту, а да аустријска војска добије у времену и осигура своје повлачење без већих губитака. Тек када је Ветерани наредио да се уништи сва храна и покосе поља у целом округу Ниша, постало је јасно да се аустријска војска повлачи. Турци су половином августа 1690. допрли до Ниша и опсели га. Народ је у страху од турске освете, делом побегао за аустријском војском према Београду, а делом се склањао у непроходне планине и брда. Да би уништио ћесарова одметника Текелију коме се придружио и влашки кнез Бранкован, генерал Хајзлер је напао Текелију, али је поражен и заробљен. Макграф Баденски је на брзину сакупио од трупа у Србији нешто војске и појурио у Ердељ. Турци су то искористили и заузели Ниш 8. септембра. Затим су гонили аустријску војску која се повлачила и 24. септембра заузели су Смедерево. Затим су кренули ка Београду. После осам дана опсаде заузели су Београд 8. октобра 1690., а после су прешли Саву и Дунав и наставили напредовање.
Србима у збегу су се придружили и Срби из Срема и фрушкогорских манастира. Збег је стигао до Будима, Сентандреје и Коморана. Избеглицама су за прелаз служила два моста, први на Дунаву код Петроварадина, а други на Сави код Осијека. Аустријски генерал Аспермон, командант Београда, пребацио је све избеглице преко Саве све до самог освајања Београда од Турака. Једва је успео и сам да се спасе са три хиљаде војника. Повукао се до Осијека, Сигета и Будима, рушећи успут све тврђаве и војна утврђења.
Насељени Срби су се одмах нашли у врло тешком стању и положају. Мађари су у њима гледали само непожељне госте и правили су им пуно проблема.
Католичка црква, која је у то време била одлучујући фактор у Угарској и у Аустрији била је непомирљива према другим хришћанским концесијама, нарочито према православнима, које је одувек сматрала јеретицима и шизматицима.
Аустрија је сматрала, да су крајеви у којима Срби живе отети оружјем царске војске и да припадају царском дому, као патрониум домус Аустриае, а цело српско питање за њих је било аустриацо-политица. Мађари те крајеве сматрају за саставни део регни Хунгариае, а српско питање је њихово унутрашње питање провинциалис хунгарица. Они неће ни да чују ни за какве привилегије Срба и за њихов живот ван угарских закона. У најбољем случају признавали су нешто привилегија потомцима досељеника за време владе Леополда И, али никако онима који су касније дошли. Срби су за њих били држава у држави. Угарска дворска канцеларија и угарске жупанијске власти нису престајале протествовати против изузетног правног положаја српског народа. Тражили су упорно да се засебне војне крајине присаједине Угарској. Како су жупанијским властима на челу били племићи, то су се они свим силама трудилида војне крајине укину и слободне сељаке српске уведу у спахијско ропство. У Бечу се поступно попуштало Мађарима, војне крајине су се укидале, власт жупанија проширивала и Срби све више долазили под њихову власт. У целом XVIII веку Мађари нису престајали да Србе посмају као зле госте у својој рођеној кући и као оруђе Аустрије у борби против слободе Угарске.
Избеглице су примљене врло непријатељски због свог изгледа, одрпани, другог језика, без основних животних потреба и свако их се клонио. Сматрали су их олошем и немилосрдно гонили, тако да су се многи већ 1691. вратили назад.
Привилегован положај Срба и њихово издвајање, у односу на староседеоце, по датим правима из царске Привилегије, ослобађање плаћања десетка католичком свештентву и других намета, жупанијским Мађарским властима смета. Они имају сасвим други план са усељеним Србима, као незваним гостима: да од њих створе спахијско робље, да се укину, односно присаједине такозване Војне крајине, где су Срби уживали још изразитији привилегован правни положај и били директно под управом Ратног савета у Бечу и да их потпуно приведу унији са католичком црквом, јер православни ''шизматици'' не могу бити грађани Мађарске краљевине. И док су се аустријске и мађарске власти препирале око својих права, Срби су као жртве ове игре тешко страдали и падали под теретом неиздрживих патњи, без крова над главом, без средтава за живот, без регулисаног правног положаја у новодосељеним крајевима Угарске.
Прва и основна брига патријарха, била је да издејствује за свој народ посебну територију где ће се населити и подићи кров над главом.
Тај проблем се на иницијативу патријарха Арсенија III почео решавати већ првих дана преласка Срба у Угарску. Он никада није био коначно решен јер није било добре воље надлежних аустријских и Мађарских власти да се реши. Мудровало и одуговлачило јер су се укртшали разни интереси. Новодосељени Срби су требали и аустријском двору и мађарским жупанима. Првоме, као добри и опробани војници, који ће бранити границе од упадања Турака, а другима као бесправно робље, које ће обрађивати огромне спахијске поседе. Мађарским властима није одговарало да се Срби настане код Будима, Сент Андреје и Коморана јер нису хтели да трпе Србе у центру своје државе. Оне су радиле на томе да се Срби настане јужније. Аустријском двору није одговарало да се Срби населе у пределима војне границе јер су се бојале окупљања Срба на једном месту. Ипак Срби су се морали негде населити и морала им се пружити могућност стварања њихове животне егзистенције. Срби су желели да се ослободе својих лагумица и колиба и да се престану сматрати нежељеним гостима.
На упорна настојања патријарха Арсенија и касније подвојводе Јована Монастерлије, да се Србима додели стална земља за насељавање, Ратни војни савет, после више од три и године, издејствовао је код цара и објавио два царска решења, по овом питању. Прво је објављено у Бечу 10. маја 1694. и по њему се Србима додељује простор између Саве и Дунава. Друго решење је објављено 31. маја 1694. и по њему је Србима дозвољено насељавање у Коморанско поље и у део Славоније, у такозвану Малу Влашку.
Из ових царских решења се види да двору и цару још није јасно које земљиште Србима треба доделити за насељавање. Првим решењем се одређује терен између Саве и Дунава тј. Срем, где су и раније живели Срби и где је земља добра и плодна, а другим решењем их пребацује у Славонију, дакле ближе граници која је стално у опасности од турских упада. Ова царска решења неће бити релизована када о њима донесу свој суд царски саветници и језуити, којима се никако није свидело ово груписање Срба на једном месту. Вештим махинацијама ће и ова решења бити стављена ван снаге, а Срби се и даље потуцати с једног места на друго.
Одлука да се тражи земља Мала Влашка донета је на Сабору у Баји почетком 1694. године. То је била територија пакрачке епархије, густо насељена Србима још у ЏВИ и ЏВИИ веку.
Сабор у Баји је одржан на иницијативу патријарха и Монастерлије. Сазван је без претходног обавештења и дозволе генерала Штаренберга. Ово је разбеснело генерала и власти. Они су мислили да је овај збор сазван у сврху договора да се Срби врате назад у Турску па су желели да спрече било какво окупљање, али нису успели. Одлучан став учесника збора разгневио је Дворски савет и генерала Штаренберга, те је Монастерлија морао да се пред овим правда. Двор је наредио да генерал Хајзлер пажљиво испита одлуке овог Сабора и настоји да свим средствима умањи у народу углед патријарха и подвојводе. Хајзлер је позвао патријарха и подвојводу у Беч на разговор по питању пресељења, али ови су прекинули те разговоре изјављујући, да се засад ово питање одлаже, а да они остају код свог захтева, да долази у обзир за насељавање само предложена област око Пожеге и Пакраца (Мала Влашка). Генерал Хајзлер је овим био увређен и тражио је да се ово питање реши силом. Ратни савет је углавном прихватио захтеве патријарха и подвојводе, апелујући на њих да изврше организацију овог пресељења, које би требало да се обави најдаље до октобра. Патријарх и Монастерлија су тражили да се сви Срби ставе директно под царску власт и да се ово пресељење сматра привременим док се не ослободе њихове раније територије и створе услови за повратак. Царском одлуком од 31. маја 1694. Србима је обећано да ће се тако поступити. Ипак је двор дао директиву генералу Хајзлеру, да све учини, да се изабере нека друга личност за подвојводу. У томе се није успело.
Патријарх је остао у Бечу до пролећа 1695. где је упорно тражио да се обезбеди несметана делатност његовим епископима, а њему обезбеде слободне канонске посете гдегод Срби живе.
Упоредо са борбом за добијање територије на којој ће се Срби настанити, патријарх Арсеније морао је да поведе и борбу за извршење и спровођење у живот повластица које су дате у првој Привилегији. Патријарх Арсеније је упућивао протесте и жалио се двору због неизвршавања Привилегије. Цар је обично поднете молбе и жалбе уважавао, усмено и писмено обећавао да ће наредити да се Привилегије поштују и извршавају, али је и даље ситуација остајала непромењена. Двор је за неспровођење обећања из Привилегије кривио мађарске жупанијске власти. Тако је стварао нетрпељивост између Мађара и Срба. Овим је постизао дуплу корист: с једне стране, избегавао је извршење датих обећања, која су се у датим ситуацијама морала изрицати, а чија реализација и спровођење у живот није била у интересу аустријске царевине и дворских планова, а с друге стране, изазивао је завист и непомирљивост мађарског племства и локалних власти, због српског привилегованог положаја и спутавао је експанзију мађарских сепаратистичких тенденција, у односу на аустријски двор. У нарочито осетљивим питањима и проблемима са досељеним Србима, двор се често солидарише са мађарима и толерише прећутно став мађарског племства и мађарских локалних власти, а да Србе тобож узима у заштиту. Ово се види када је реч о унији или када се осетило, да Срби показују кроз своје захтеве тенденцију, потпуног осамостаљења и националног јединства.
Иако је прва Привилегија била издата још 21. августа 1690., није прошло ни три месеца, патријарх се морао жалити и тражити њено извршење. 11. децембра 1690. двор је упутио још једну Привилегију, која је била намењена свештенству, војним и грађанским властима у којој им се јавља о привилегијама Срба од 21.августа 1690.