На Великој школи
После Рима Цезара, после Рима папa, доћи ће Рим народа.
Ђузепе Мацини
По повратку у земљу, почетком 1888. године, Миловановић је имао да бира између чиновничке и политичке каријере. Изабрао је трећи пут - отишао је на Велику школу. Стари Ђорђе наменио је сину чиновничку службу и био је против професуре. Међутим, одлука младог Миловановића да прихвати катедру државног права на Великој школи била је врло мудра. Велика школа омогућавала је у Србији двоштруку каријеру: научничку и политичку. Политика је свакако Миловановићев животни позив, својим блеском она привлачи његову амбицију, нуди јој дражи положаја, власти и угледа. Да би ушао у политику, Миловановић је прошао кроз предворје Велике школе. У земљи сиромашној интелектуалцима, политика се јагмила за професоре. Са Велике школе ушли су у политику радикали Вујић, Николић и Гершић, самосталци Стојановић и Зујовић, напредњаци Новаковић, Ковачевић, А. Ђорђевић и Мијатовић. И сам Никола Пашић покушао је у своје време да дође за професора Велике школе. Професура је нашем политичару давала научнички ореол и ауторитет у једној још увек полуписменој средини, у којој се наука сматрала неком мистичном узвишеношћу.
У време Миловановићевог доласка на Велику школу, Правни факултет је имао два доктора - Вујића и Мијусковића; остали, иако познати правници, као Гершић, Ђорђевић и Г. Миловановић, имали су лисанс. Париском доктору, који се вратио са штампаном дисертацијом, место је било обезбеђено. Фебруара 1888. Академијски савет једногласно је решио да се Миловановић постави за професора на катедри државног права и енциклопедије.
Миловановић се колебао да ли да своје прво, уводно предавање на Великој школи посвети "Идеји народности", као што је то учинио славни Италијан Манцини, ступајући на катедру међународног права у Турину 1851. године, или да почне с актуелнијом темом "О парламентарној влади". Практичност је коначно однела превагу јер су духови у Србији били обузети очекиваном уставном реформом. Својим предавањем Миловановић је постигао два циља: препоручио се као стручњак за уставна питања и изјаснио се за погледе које је заступала Радикална странка. Програм који је изнео у предавању није се разликовао од програма Радикалне странке: уставна монархија и парламентаризам с народним представниством, које даје владу из своје средине, води наџор над њом и смењује је с власти. У томе је била суштина уставности коју су радикали супротстављали Уставу од 1869, где су права парламента била сасвим скућена. Предавање је учинило велики утисак. Милан Ђ. Милићевић забележио је у свом дневнику да је предавац говорио "смерно, лепо, чврсто али и отворено. Рекао бих да се Великој школи може честитати овакав наставник..."
За оцену Миловановићевих погледа много су важнија његова предавања на Великој школи од 1888. до 1891. године. Као научник био је под јаким утицајем француске правне школе и концепција грађанске идеологије, које су оличене у прилагођеној Русоовој уговорној теорији и ублаженом либерализму. Одбацујући божанско порекло државе, као израз апсолутизма и теорију силе, као заметак тираније, Миловановић је прихватио "Друштвени уговор", с извесним допунама и исправкама. У приликама које су претходиле Француској револуцији, Русо је истакао идеологију разума над религијом, новог капиталистичког поретка над старим феудалним. После победе револуције, Русо је подвргнут ревизији, јер је његова наука створила и Робеспјера, Комитет јавног спаса и Закон о сумњивима. Као присталица погледа либералног грађанства Миловановић је пошао средњом линијом: он не верује у праслободу човека и сматра је наивном, Друштвени уговор тумачи као прећутни пристанак у коме слобода одлучивања не само да није једини већ ни најважнији услов. Русоову теорију прилагодио је у односу на два мерила: апсолутизам владаоца, где делује као прогресивна, и нове снаге које продиру одоздо, према којима је реакционарна. Миловановић је био довољно паметан да увиди опадање аристократског и јачање демократског елемента у друштву. Колико није хтео ни могао да брани умрло, није желео ни да истрчава испред догађаја. Он неће да ствара него да користи. Његови погледи одговарали су ступњу радикализма у Србији, који је савладао апсолутизам Милана Обреновића, али је из борбе изишао с тешким бременом умора. Стога је његово прилажење радикалима било само питање времена. Ако није веровао у ефикасност непомућеног демократизма, Миловановић је веровао у васпитно дејство демократије уопште. "Уступци деспота нису тековине народа.", говорио је својим ђацима. За побољшање владе у једној држави, сматрао је Миловановић, најважније је да се поправи сам народ.
Миловановићев национални програм оснивао се на начелу народности. Српско грађанско друштво све јаче је улазило у епоху јаког национализма; са својих двадесет и шест година Миловановић је већ памтио два рата. Уједињење Италије, чијем је последњем чину био савременик, учинило је на њега снажан утисак. У току студија темељно је проучио историју италијанског Ризорђимента и то га прати кроз целу политичку каријеру. Проучавајући идеју народности, Миловановић је Манцинијев национални романтизам прилагодио условима новога доба. За Манцинија је народност фатални производ природних сила; за Миловановића она је последица активне воље људи да живе у једном друштву. Фатализам замењује осећањем солидарности. По њему, идеја народности тражи општи пристанак да се створи или продужи заједнички политички живот. Процес италијанског и процес југословенског уједињења развијали су се под различитим условима. Док Манцини истиче религију као спону, Миловановић је потпуно занемарује, јер "данас губи све више од своје важности". Уместо ње истиче историцизам: у разједињеним балканским условима, сећање на стару државу повезује у стварању нове. Изнад свега је важна тежња људи "да остану у политичкој заједници, или да обнове ту заједницу, ако су је изгубили, или да је створе ако је још нису имали". Све остало, језик, раса, религија, само су помоћна средства у остварењу ове воље. Миловановић је у својим погледима потпуно пригрлио Ренанову дефиницију народности као "једне душе и једног умственог принципа, два дела једне исте ствари: једног у прошлости, другог у садашњошти." Овакву идеју народности Миловановић је уско повезивао са својом концепцијом демократског уређења: једно без другог није могло.
Миловановићева професорска каријера није дуго трајала. Користећи прву прилику, он је ускочио у политику, која га је убрзо одвојила од науке. Имао је много дара за научни рад - оштру логику и богатство идеја. Када је напустио Велику школу, 1891. године, да би се посветио спољној политици, оставио је низ недовршених радова из области дипломатске историје. Коначно се преломио да учествује у историји, уместо да о њој пише. Његове студије и расправе, објављене током наредних година, имале су претежно политички значај: у њима је наука потиснута у позадину, као помоћно средство политици. Приморан да напусти научни рад, Миловановић није губио везу с литературом и вредно је пратио и сабирао. Одржавао је контакт с научним круговима у иностранству; дописивао се с професором Нисом из Брисела, Вајсом из Дизона, Реноом са Сорбоне, слао им своје радове и пратио њихове резултате на пољу друштвених наука. У дну срца увек је помало жалио за Великом школом. Осетивши једном пријатност чаробног света науке, тихих часова анализе и дражи открића, Миловановић никада није могао заборавити дане кабинетског рада. Доцније, у јеку политичке активности, помишљао је на катедру која ће му вратити изгубљено спокојство. Међутим, политичке буре нису поштеделе ни Велику школу. Промене резжма одражавале су се на њој, као на свим осталим установама у Србији. Отпуштен из државне службе 1892. године, Миловановић је узалудно у три маха покушавао да се врати професури, примајући се чак за хонорарног наставника. Године 1896. вратио се Великој школи, али кратко, јер га је политика поново одвукла. Те године био је предложен за дописног члана Српске академије наука, али је на избору пропао, углавном, опет, из политички разлога.